Horní Mikulčice, jak byly Nikolčice dříve nazývány jsou starobylá ves, ležící v roklině, obepínané Liščím vrchem ze severu, z jihu pak Žerotínským vrchem, a od východu Díly u Nikolčic. První zmínka pochází ze staroboleslavské kapituly z roku 1046. Dokládá, že tuto ves daroval kapitule kníže Břetislav a kapitula ves vlastnila ještě v polovině 14. století (majetek kapituly je zmiňován ještě roku 1356). Někdy před rokem 1484 ji jako zástavu získal Vilém z Pernštejna. Tak byla ves spojena s nedalekým statkem nosislavským a od roku 1508 s panstvím židlochovickým. Na počátku 13. století byla ves kolonizována a poněmčena, ale v druhé polovině 16. století už zase převládal český živel. V době předbělohorské ve vsi převládlo protestantství, takže faru obhospodařoval evangelický pastor. Benediktýn Gregor Tomáš Volný OSB uvádí, že okolo roku 1571 byla v držení utrakvistů. Tehdejší farář Johan Hradecký, který pak o rok později už jako duchovní správce pozořický, žaloval tehdejšího nikolčického hospodáře Bedřicha ze Žerotína, který dovolil anabaptistům, kteří se zde usadili, obsadit „starý“ farní pozemek včetně polí a vést jej pod křepickou správou. Anabaptisté zde vlastnili budovu fary, 4 grunty a louku. Ve vlastivědě moravské je uvedeno, že se jednalo o velký společný dům č. 51. Avšak listopadu roku 1604 byli anabaptisté vojskem násilně odvedeni do Křepic. Zmínka o dalším evangelickém pastorovi pochází z roku 1612, kde je uvedeno jméno Daniel Příhodný. Z novokřtěneckých sluhů evangelia jsou uváděni r. 1611 Ludvík Törker a r. 1613 Neuffer. 1621 a další léta byla fara, a především novokřtěnecký dům několikrát vypleněn císařskými vojsky a poté zcela opuštěn.
Od roku 1622 byla obec komendována do Židlochovic. Duchovním správcem byl P. Mikuláš Jan Reiser, který sem dojížděl. Po vystěhování katolíků měla ves kolem roku 1645 jen 66 obyvatel, z nichž 39 zemřelo v tomto roce na mor. Kolem roku 1670 měl kostel jen 1 oltář, 1 malou stříbrnou monstranci, 3 kalichy, 2 ornáty a 2 zvony (kostelní dvůr renovován v roce 1691); farář dostával desátek, užíval 1 lán půdy, 1 zahradu a 1 louku. Farářem byl P. Valentin Schawrz, pozdější židlochovický děkan.
Nikolčice spadaly od roku 1675 do blučinské farnosti. Samostatná matrika pro obec se začala psát od roku 1708. První blučinský farář Ondřej Ignác Gröger cestoval k farníkům, podobně jako jeho následovníci na koni. Dojíždět do vzdálených Nikolčic však bylo obtížné, proto na žádost majitele panství Filipa Ludvíka Václava ze Sinzendorfu z roku 1711 zde měla být založena farnost, kam měly být přifařeny nově založena ves Nový dvůr a Meierhof, patrně Henriettenhof, který stával na cestě mezi Moutnicemi a Velkými Němčicemi. Nicméně konzistoř žádosti nevyhověla. Teprve 25. května roku 1728 došlo k dohodě. Blučinský farář Jan Bernard Haberland dostal 250 zlatých na stavbu obydlí pro expositního kaplana, který zde byl ustanoven.
Roku 1777 během působení P. Martina Rohožky se započalo s výstavbou nového chrámu. Po Josefínské reformě roku 1785 se Nikolčice osamostatnily a vznikla samostatná kuracie. Tento stav trval až do roku 1822, kdy z rozhodnutí patrona farnosti došlo k jejímu zrušení kvůli úsporám. Marně žádali nikolčičtí farníci o ponechání dosavadního duchovního správce.
Obytný dům s malou zahradou pro kněze byl vystavěn roku 1809 farním patronem u kostela pravděpodobně na místě staré fary. Zděný hřbitov byl nově vystavěn a oddělen od kostela roku 1831 kvůli choleře.
Popis kostela uveden v roce 1858 v církevní topografii Moravy od již zmíněného Gregora Tomáš Volného OSB.
Kostel svatého Jakuba Velikého byl postaven v roce 1777 na náklady knížete Karla Mar. v. Dietrichsteina na vzdáleném konci dědiny na místě starého, který zcela zchátral. Projekt vypracoval Karel Jan Hromádko.
Je 15 sáhů dlouhý, 5 sáhů široký, má 3 klenuté kopule, taškovou střechu, před několika lety byl vydlážděn pálenými cihlami, s novými varhanami s deseti rejstříky včetně pedálů. Vnitřní výmalba od pátera Fr. Zrubka z roku 1830 s výjevy ze Starého a Nového Zákona, následně obrazy světců v olejové barvě.
Jsou zde 3 oltáře. Boční oltář sv. Petra a Krista na Kříži namaloval Jan Chambrez a hlavní oltář je dílem sochaře Ondřeje Schweigla. [pozn.: od roku 1881 sv. Cyril a Metoděj a Panna Maria]
Okolo roku 1858 byly na věži 3 zvony. Největší o váze 10 centů s názvem O rex gloriae veni cum pace z 15. století. (v Cerroniho sbírce je uvedeno Maria Mater Dei, Lucas, Marcus Mattheaus, joannes, zvon je kladen do 12. století), dalším byl 8 centů těžký zvon s názvem Ingressus Angelus ad Mariam ait a dvou centový zvon ulitý v roce 1716 v Brně s nápisem Sim. Kerker.
V roce 1806 byla v kostele knihovna s 36 svazky teologických knih.